Este Laboratorio fue creado por el Consejo Directivo Central de la Universidad de la República para lograr una masa crítica en disciplinas afines a Ciencias del Mar y para establecer vínculos científicos regionales e internacionales que posibiliten el desarrollo de líneas de investigación y de formación en dichas ciencias. La estrategia comprende la realización de acuerdos de cooperación con diversas instituciones estatales o privadas, nacionales e internacionales, que, con objetivos similares, le brinden posibilidades de interrelación en docencia e investigación, participando así en una formación dirigida a superar las carencias detectadas en el país. Le competen actividades de formación de grado y postgrado a nivel de Maestría y Doctorado, y actividades de investigación y extensión en Ciencias del Mar. En octubre de 2004 el Laboratorio fue incorporado por el Consejo de la Facultad de Ciencias al Departamento de Ecología y luego a fines del 2010 al Departamento de Ecología y Evolución del Instituto de Biología. Las disciplinas y sub-disciplinas que abarca esta unidad son Ecología marina, Dinámica de poblaciones, Ecología de comunidades bentónicas, Análisis de ecosistemas, Zoología marina (estudios de ciclos de vida de organismos marinos y estuarinos).